Der Name „Zelle“ leitet sich von cella (Zelle) ab und bedeutet Kammer, Hütte, im besonderen Sinne Kloster- oder Kapellenraum. Illerzell verdankt seine Entstehung wahrscheinlich einer Wirtschaftszelle, die dem Kloster Reichenau gehörte, das in Schwaben Besitzungen hatte, z.B. auch im benachbarten Ulm.
Reichenau, im Jahre 723 vom hl. Pirmin gestiftet, erhielt im Jahre 823 vom Kaiser dessen „Fronhof in Ulm“ als ewiges Reichslehen übertragen. Die „Zelle an der Iller“, 2,5 Stunden südlich von Ulm, mag so etwas wie die Expositur der dortigen Mönche gewesen sein.
Die Missionsaußenposten, „Zellen“ genannt, bestanden aus einfachen Holzhütten mit einem schmucklosen Kirchlein. Die Arbeit der Gründer, einer Gruppe von Mönchen, bestand darin, den Wald zu roden, Felder anzulegen, um so ihren Unterhalt zu sichern und beispielgebend auf die einheimische Bevölkerung einzuwirken. Zugleich betreuten sie diese seelsorglich, indem sie predigten und die Hl. Messe hielten. Aus dieser kleinen Seelsorgestation hat sich später, wie anzunehmen ist, die Pfarrei entwickelt.
Pfarrer Engelbert Solger (Pfarrer in Illerzell von 1837-1842) schreibt in seinem Bericht: „Illerzell soll eine der ältesten Pfarreien des Bistums Augsburg sein.“ Die Gründungsgeschichte Illerzells und der als Stifter in Frage kommende frühe Ortsadel bestätigen das wohl, wenn auch zur Zeit noch die Anhaltspunkte für eine genaue Datierung fehlen, was auch bei anderen älteren Pfarreien wie Wullenstetten, Aufheim und Illerberg der Fall ist.